О том, из кого получились такие вот собаки, крупные, квадратные, большеголовые и бородатые — остается тайной. Считается лишь, что порода эта аборигенная, сформировавшаяся самостоятельно и немного отшлифованна заводчиками. Ну а официальное признание этой породы произошло чуть больше ста лет назад, когда люди наконец оценили это бородатое сокровище и возвели его в ранг национальной гордости сразу трех стран.
В настоящее время считается, что предками фландрского бувье были крупные и выносливые пастушьи собаки Бельгии, которые славились превосходными рабочими качествами. Ближайшие родстввенники фландрского бувье — грубошерстные овчарки Европы, прежде всего, бельгийская овчарка лакенуа, французкая овчарка — бриар и пикардийская овчарка, а также голландская грубошерстная овчарка.
История фландрского бувье неразрывно связана с историей родины этой породы — Фландрией, которая в Средние века была одним из наиболее экономически развитых районов Европы. Современный итальянский кинолог П. Манетти считает, что на формирование облика фландрского бувье повлиял, главным образом, особый климат Фландрии, который не отличается особо низкими температурами, однако чрезвычайно влажный и ветреный. В таких условиях грубый и непроницаемый густой шерстяной покров бувье создавал ему очень хорошую защиту. Выносливость бувье определяли и спартанские условия содержания: собак на фермах плохо кормили, а их гигиене не уделяли никакого внимания.
О происхождении рабочих пород можно только догадываться, так как их история обычно не подкреплена документальными свидетельствами. Сельские собаки мало интересовали художников и поэтов.
Вплоть до начала ХХ века заводчики не придавали особого значения внешнему виду пастушьих собак, в том числе и ранних бувье, собаки не были выровнены по типу и росту. В 1894 году профессор бельгийской Ветеринарной школы А. Реул изучал овчарок Бельгии и выделил среди них пять типов, один из которых стал прообразом современного фландрского бувье. Это была так называемая «коровья собака» («chiendevaches»).
В 1908 году бувье завоевал первый приз в свободном классе на показе собак, организованном Обществом святого Губерта. На выставке в 1911 году в Ипре судья Эмбрехт показанных собак разделил условно на три типа.
Первый — тип Паре, по имени заводчика, который представил собак. Это собаки серого или серо-черного (пестрого) окраса, с грубой шерстью, с хорошо развитым костяком, среднего роста. Они превосходно сложены для охраны и сопровождение скота.
Второй — тип Моермана (или «де Рулер» — «deRoulers», то есть «из Рулера). Это собаки современного типа, их было показано достаточно много. Красивые, черного окраса, с жесткой шерстью, крупного, даже слишком крупного роста.
Третий — тип менее интересен: «тип бриара», на которого эти собаки похожи.